É o ano de 1614, dois clãs de ninjas, o da terra de Koga e o de Iga. Ambos são inimigos, mas têm acordado em não entrar em guerra em com o outro. Os herdeiros de ambas vilas se apaixonam sem saber que um é inimigo do outro por causa das tradições dos clãs.

Mas um trágico destino espera o casal, é lançada uma maldição sobre a existência das famílias que coloca as duas vilas uma contra a outra.

Os melhore ninjas de Koga e Iga são escolhidos para lutar uns contra os outros e Gennosuke e Abora, o casal apaixonado é colocado frente a frente como inimigos. Por séculos eles guerras da escuridão, com estranhos poderes e habilidades, vivem somente para batalha, eles são SHINOBI.